王守仁《传习录》四卷，《阳明则言》二卷
王守仁《传习录》四卷，《阳明则言》二卷罗钦顺《困知记》六卷，《附录》二卷陈建《学蔀通辨》十卷许赞《性学编》一卷，《道统溯流录》一卷湛若水《甘泉明论》十卷，《遵道录》十卷，《问辨录》六卷黄佐《泰泉庸言》十二卷吕柟《泾野子内篇》三十三卷，《语录》二十卷邹守益《道南三书》三卷，《明道录》四卷何瑭《柏斋三书》四卷薛蕙《日录》五卷顾应祥《惜阴录》十二卷沈霁《语录》四卷邵经邦《弘道录》五十七卷唐顺之《儒编》六十卷薛应旂《考亭渊源录》二十四卷，《薛子庸语》十卷王艮《心斋语录》二卷周思兼《学道记言》六卷胡直《胡子衡齐》八卷陆树声《汲古丛语》一卷金贲亨《道南录》五卷，《台学源流集》七卷尤时熙《拟学小记》八卷刘元卿《诸儒学案》八卷周琦《东溪日谈》十八卷罗汝芳《明道录》八卷，《近溪集语》十二卷耿定向《庸言》二卷，《雅言》一卷，《新语》一卷，《教学商求》一卷李渭《先行录》十卷王樵《劄记》一卷，《笔记》一卷许孚远《语要》二卷硃衡《道南源委录》十二卷孙应鰲《论学汇编》八卷梁斗辉《圣学正宗》二十卷管志道《问辨牍》八卷，《理学酬咨录》八卷王敬臣《俟后编》四卷吕坤《呻吟语》四卷邹德溥《畏圣录》二卷邓球《理学宗旨》二卷李材《教学录》十二卷，《南中问辨录》十卷曾朝节《臆言》八卷邹元标《仁文会语》四卷，《日新编》二卷杨起元《证学编》二卷，《识仁编》二卷徐即登《儒学明宗录》二十五卷黄时熠《知非录》六卷钱一本《黾记》四卷顾宪成《劄记》十八卷，《东林商语》二卷，《证性编》八卷，《当下绎》一卷，《泾阳遗书》二十卷李多见《学原前后编》八卷涂宗浚《证学记》三卷周子义《日录见闻》十卷吴仕期《大儒敷言》三十三卷徐三重《信古余论》八卷来知德《日录》十二卷方学渐《心学宗》四卷姚舜牧《性理指归》二十八卷冯从吾《元儒考略》四卷，《语录》六卷唐鹤徵《宪世编》六卷曾凤仪《明儒见道编》二卷周汝登《圣学宗传》十八卷高攀龙《就正录》二卷，《高子遗书》十二卷孙慎行《困思抄》四卷刘宗周《理学宗要》一卷，《证人要旨》一卷，《刘子遗书》四卷叶秉敬《读书录钞》八卷黄道周《榕坛问业》十八卷章世纯《留书》十卷黄淳耀《吾师录》一卷，《语录》一卷，《劄记》二卷──右儒家类，一百四十部，一千二百三十卷。
太祖《资治通训》一卷，凡十四章，首君道，次臣道，又次民用、士用、工用、商用，皆著劝导之意。《公子书》一卷，训世臣。《务农技艺商贾书》一卷训庶民子弟。
成祖《务本之训》一卷采太祖创业事迹及往古兴亡得失为书，以训太孙仁孝皇后《劝善书》二十卷宋濂《燕书》一卷王廉《迂论》十卷叶子奇《草木子》八卷王达《笔畴》二卷曹安《谰言长语》二卷赵弼《事物纪原删定》二十卷解延年《物类集说》三十四卷罗颀《梅山丛书》二百卷，《物原》二卷谢理《东岑子》四卷潘府《南山素言》一卷何孟春《余冬序录》六十五卷，《闲日分义》一百卷戴鱀《经济考略》二十卷戴璟《博物策会》十七卷陆深《同异录》一卷，《传疑录》二卷孙宜《遁言》二卷祝允明《前闻记》一卷，《读书笔记》一卷蔡羽《太薮外史》五卷刘绘《刘子通论》十卷高岱《楚汉余谈》一卷罗虞臣《原子》八卷王杰《经济总论》十卷汪坦《日知录》五卷刘凤《刘子杂组》十卷王世贞《劄记》二卷，《宛委余编》十九卷王可大《国宪家猷》五十六卷万历中，御史言内阁丝纶簿猝无可考，惟是书载之。遂取以进。
沈津《百家类纂》四十卷陈耀文《学圃萱苏》六卷，《学林就正》四卷陈绛《金罍子》四十四卷方弘静《千一录》二十六卷劳堪《史编始事》二卷陈其力《芸心识余》八卷周祈《名义考》十二卷詹景凤《詹氏小辨》六十四卷穆希文《说原》十六卷，《动植记原》四卷王三聘《事物考》八卷